Cuối năm 1773, phong trào Tây Sơn phát triển mạnh, giải phóng một vùng rộng lớn từ Quảng Nam đến Bình Thuận. Đây chính là không gian sinh hoạt truyền thống của đội Hoàng Sa và đội Bắc Hải suốt nhiều thế kỷ.
Khi toàn bộ khu vực này nằm dưới sự kiểm soát của quân Tây Sơn, triều đại mới tiếp tục duy trì mô hình tổ chức các đội Hoàng Sa, Bắc Hải theo truyền thống của các chúa Nguyễn: Vừa bảo vệ, vừa khai thác vùng quần đảo xa giữa Biển Đông.
Địa chí Bình Định cho biết: Ngày 15 tháng Giêng năm 1776, Cai hợp phường Cù Lao Ré (nay là đảo Lý Sơn, tỉnh Quảng Ngãi) thuộc xã An Vĩnh là Hà Liễu dâng đơn lên chính quyền Tây Sơn, xin lập lại hai đội Trường Sa và Quế Hương.
Đơn trình bày rõ nhiệm vụ của đội: Vượt thuyền ra các đảo, thu nhặt sản vật gồm đồng, thiếc, hải ba, đồi mồi… để nộp theo lệ; khi có lệnh ứng chiến sẽ “vững lòng ứng chiến với kẻ xâm phạm”, lúc hòa bình lại tiếp tục ra khơi tìm báu vật và dâng nộp thuế quan theo quy định.
Tờ đơn này được triều Tây Sơn (niên hiệu Thái Đức) chuẩn cho, hiện còn lưu tại nhà thờ họ Võ ở Lý Sơn.
Cũng tại đây, nhiều văn bản thời Tây Sơn liên quan đến việc quản lý Hoàng Sa vẫn được bảo quản. Trong số đó có Chỉ thị đề ngày 14 tháng 2 năm thứ 9 hiệu Thái Đức (1786), do Thái phó Tổng lý quản binh dân chư vụ Thượng tướng công ban hành.
Chỉ thị giao Hội Đức hầu, Cai đội Hoàng Sa “luôn xem xét, đốc suất trong đội cấm biển hiệu thủy quân”, cưỡi 4 thuyền câu vượt biển đến Hoàng Sa và các cù lao ngoài biển để thu nhặt vàng bạc, đồng, đại bác, tiểu bác, đồi mồi, vỏ hải ba, đá quý… và vận chuyển về kinh nộp theo lệ. Văn bản cũng quy định cụ thể hình phạt đối với hành vi gian dối hoặc không hoàn thành nhiệm vụ.
Ngoài ra, còn có bản Ngự phê về lời tâu của xã An Vĩnh liên quan đến việc dâng nộp đồi mồi, hải ba, quế hương và xin miễn sưu dịch. Nhà vua chuẩn cho, ban thưởng vàng.
Văn bản ghi rõ mốc thời gian trải dài trong 2 niên hiệu: Thái Đức từ năm đầu đến năm thứ 15 (1778-1792) và Cảnh Thịnh từ năm đầu đến năm thứ 9 (1793-1801). Đây là bằng chứng quan trọng cho thấy hoạt động quản lý biển đảo dưới thời Tây Sơn được duy trì xuyên suốt.
Nguồn tư liệu nước ngoài cũng xác nhận thực tế ấy. Trong tác phẩm A Voyage to Cochinchina, in the year 1792-1793 (Một chuyến du hành tới xứ Đàng Trong, những năm 1792-1793), John Barrow - phái viên trong phái bộ Macartney của Anh sang Trung Quốc, có ghé Đà Nẵng tháng 6 năm 1793, thời vua Quang Toản.
Ông ghi lại rằng tàu thuyền xứ Đàng Trong “được dùng vào việc buôn bán ven biển, chài lưới, thu lượm hải sản và tổ yến trong nhóm quần đảo gọi là Paracels”. Ghi chép này cho thấy hoạt động kinh tế, khai thác và hiện diện tại Hoàng Sa diễn ra bình thường dưới triều Tây Sơn.
Từ hệ thống văn bản, tư liệu trong nước lẫn ghi chép nước ngoài, có thể khẳng định rằng hoạt động thực thi chủ quyền tại Hoàng Sa - Trường Sa dưới thời Tây Sơn mang tính thường xuyên, có tổ chức, vừa dựa trên chủ trương của nhà nước, vừa dựa vào lực lượng dân binh và ngư dân địa phương. Sự quản lý không gián đoạn ấy tạo nên mạch nối lịch sử quan trọng trong tiến trình khẳng định chủ quyền của Việt Nam trên Biển Đông.
Sau khi triều Tây Sơn suy vong, nhà Nguyễn tiếp tục duy trì chính sách hướng biển, đẩy mạnh các hoạt động cắm mốc, khảo sát, dựng miếu, lập đội Hoàng Sa - Bắc Hải.
Những nỗ lực kéo dài qua nhiều triều đại này góp phần hình thành một thực tế lịch sử không thể phủ nhận: Việt Nam đã sớm xác lập, thực thi và bảo vệ chủ quyền của mình ở Hoàng Sa và Trường Sa trong suốt nhiều thế kỷ.
